Apoteket ligger i den nedre del af Perlegade, hvor bombardementet ramte særlig hårdt. Adskillige af bygningerne i dets nærhed blev så beskadigede, at de måtte rives ned. Selv slap apoteket tilsyneladende let igennem beskydningen. De samtidige fotografier af facaden viser en enkelt træffer og et nogenlunde intakt tag. Ikke desto mindre fik ejeren en erstatning på 1340 rigsdaler, lidt over halvdelen af hvad genboen i det fuldstændige ødelagte Perlegade 11 modtog. Ved bombardementets begyndelse var generalstaben indkvarteret i apoteket, men valgte allerede samme dag at forlægge til Ulkebøl.